เรื่องราวความวุ่นวายใน “แมวที่หายไปกับวันวุ่นวายของมินาโตะโฮเต็ล” เริ่มต้นขึ้น เมื่อปู่ของคิยามะ?ชินโนซึเกะหรือชิน หนึ่งในสมาชิกชมรมเพื่อนช่วยเพื่อน ต้องการทำความปรารถนาของคุณโยโกะ อดีตเจ้าของมินาโตะโฮเต็ลที่ว่าอยากให้จัดงานศพของเธอที่สวนหลังมินาโตะโฮเต็ลแบบงานรื่นเริง แต่ติดตรงที่ไม่มีใครรู้ว่าเธอเก็บกุญแจสวนไว้ที่ไหน ปู่จึงไหว้วานให้ชินเป็นคนช่วยตามหากุญแจ แต่ยังไม่ทันจะได้เริ่มงาน มินาโตะ อัตสึฮิโกะ ลูกชายคุณโยโกะและเจ้าของมินาโตะโฮเต็ลคนปัจจุบันดันตกบันไดลงมาขาหักเสียก่อน แถมคิราตะ คาราเมล แมวแสนรักของเขาก็หลุดหายไปอีก ภารกิจตามหากุญแจเข้าสวนหลังมินาโตะโฮเต็ล ตามหาแมวหาย และช่วยงานเคาน์เตอร์โรงแรมกะกลางคืนจึงตกเป็นของชินแบบงง ๆ เขายอมทำหน้าที่เหล่านี้อย่างเสียไม่ได้เพื่อตัดรำคาญ แต่กลายเป็นว่าระหว่างความวุ่นวายของการทำภารกิจเหล่านี้ ชินค่อย ๆ เรียนรู้การเป็นที่พึ่งและการรู้จักพึ่งพาคนอื่น เพื่อที่จะได้พักก่อนที่ร่างกายและจิตใจจะทนไม่ไหว